Tarihî kaynaklara göre Pendik MÖ 5000'lerden beri yerleşim alanı. İstanbul Boğazı ile Sakarya nehri arasındaki bölgenin jeopolitik ve jeostratejik özelliği sebebiyle çok sık el değiştirmesi dolayısıyla, bu bölgede bulunan Pendik de çok farklı milletler tarafından ele geçirildi. MÖ 1200'lerde bu bölgede Makedonyalıların olduğu, M.Ö. 8. yüzyılda Roma İmparatorluğunun, daha sonra da Bizanslıların egemenliği ele geçirdiği biliniyor. Bizans döneminde “Pantikion” ya da “Pentikion” adıyla anılan yer bugünkü Pendik civarıydı. İlçenin bilinen en eski adı ise “Pantikapion” ve “Pantikapeum.”

Pendik'e Roma döneminde Panticio, Pantecio, Panticia deniyordu. Bizans döneminde kullanılan Pantecion (Pantiki) ismi "her tarafı surlarla çevrili" anlamına gelir. Çoğu kaynaklar Pendik kelimesinin duvar anlamına geldiğini ve İstanbul'a egemen olan devlet ya da hükümetlerin doğudan gelecek saldırıları önlemek için burasıyı bir savunma hattı olarak kullandıklarını kaydederler. Bazı kaynaklara göre Pendik "beş burun" anlamını taşır. Ural dağlarından gelip bu bölgeye yerleşenlerin Farsça beş köy anlamında "Pench-deh" ismini kullandığı söylenir.